根据《招标投标法》中第五十条、第五十二条至第五十五条、第五十七条等6种情形则中标无效，自然合同也是无效的。如果双方签订了以上情况的无效合同，工程也已经动工实施了并合格的话，那应当按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》进行结算。不合格的工程可以事后对工程进行修复工作，经过修复合格的话，费用有承包人承担，不合格的话承包人要求支付工程款项的不予支持。同时，发包人也应承担民事责任。

根据《合同法》内容显示，如果出现合同一方用欺诈、胁迫等手段使对方违背真实意思签订的合同，受损方有权请求法院援助或仲裁机构变更和裁撤。如果是当事人要求变更的，人民法院和仲裁机构不能撤销。在实际中很少见到这类情况下的合同中的工程量清单和招标文件中的不一致。

当合同已经被人民法院或者仲裁机构变更的，工程结算应按照变更后的合同进行结算工作，合同未变更或撤销的按照原合同结算，已经撤销的需按照原合同结算条款进行相应的款项结算。